瓶裝包裝線可用熱堿水沖洗，中和，熱水沖洗，高溫蒸汽滅菌。操作環(huán)境可采用化學(xué)滅菌和物理滅菌相結(jié)合的方式進(jìn)行無菌處理。一般無菌室配備空氣過濾裝置和紫外線殺菌裝置，以保持無菌室的恒定無菌狀態(tài)。可以定期進(jìn)行紫外線照射以殺死空氣中的微生物。確保無菌室的潔凈度、溫度和濕度應(yīng)符合規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)（溫度一般控制在18攝氏度左右，濕度一般在55%左右）。

     操作環(huán)境殺菌是防止細(xì)菌和其他污染物進(jìn)入操作環(huán)境。殺菌主要通過過濾和除塵來實(shí)現(xiàn)。一般對無菌操作空間內(nèi)的空氣進(jìn)行殺菌、二次過濾、加熱殺菌，產(chǎn)生無菌超壓空氣。超壓狀態(tài)確保環(huán)境細(xì)菌空氣不會滲入無菌工作區(qū)域。瓶裝包裝線的滅菌常采用環(huán)氧乙烷處理。因?yàn)榄h(huán)氧乙烷氣體對乙烯基塑料有滲透作用，而且包裝機(jī)中很多與食品接觸的零件往往都是用乙烯基塑料制成的，當(dāng)用環(huán)氧乙烷進(jìn)行殺菌消毒時(shí)，

在輸送過程中，要保持接頭、閥門、換熱器、均質(zhì)器、泵等的密封性，并保持系統(tǒng)內(nèi)部的正壓狀態(tài)，以保證外界空氣不進(jìn)入。同時(shí)，要求傳輸線盡可能簡單，便于清潔。無菌包裝系統(tǒng)設(shè)備的滅菌處理一般采用CIP原位清洗系統(tǒng)進(jìn)行，清洗程序可根據(jù)產(chǎn)品類型根據(jù)滅菌要求設(shè)置。應(yīng)在無菌操作環(huán)境中設(shè)置檢測裝置，監(jiān)測環(huán)境中微生物的數(shù)量，確保包裝產(chǎn)品的無菌性。

保證自動包裝封口的無菌性：包裝封口是無菌包裝的個環(huán)節(jié)，也是一個關(guān)鍵環(huán)節(jié)，直接影響產(chǎn)品的包裝質(zhì)量和保質(zhì)期。要求一方面可以防止微生物和氣體或水蒸氣的侵入，另一方面不能讓產(chǎn)品本身的氣味和原液溢出。大多數(shù)無菌包裝采用熱封、超聲波封口、膠封或氣封的方式進(jìn)行密封，也有的采用折疊和卡扣的方式進(jìn)行密封。

密封時(shí)應(yīng)注意壓力應(yīng)均勻分布在密封面上；封口過程的條件，如封口溫度、時(shí)間、壓力等，必須有安全限制，并且可以控制；密封面應(yīng)避免產(chǎn)品或其他污染；封口位置必須準(zhǔn)確，特別是在同一臺機(jī)器上進(jìn)行熱成型/灌裝/封口時(shí)，應(yīng)防止封口位置出現(xiàn)偏差。